長老教會1972年以前美南長老教會在台北（台北原住民服務中心現址）購買兩層房屋，提供台北求學的原住民青年住宿。
1972年，原住民因工作緣故，從部落移居到都市，加上原住民就學人數遽增，總會原宣於1973年6月29日第二屆董事會提出報告，決議成立受託小組並執行購買現址之房屋，開始從事原住民大專學生工作。

1973年9月學生中心設立初期以提供學生住宿、生活需要之服務。同年的10月，由兩三位就讀不同大專院校的原住民青年，不約而同的聚集、分享彼此的需要與意象，成立「山青團契」。目的藉由團契生活結合一群人，共同分享主耶穌的愛，且彼此在主道上成為主肢，個個肢體發揮功能。另外，中心也與都市原住民教會牧者成立同工聯禱會，藉由聯禱會彼此分享資源並舉辦聯合性活動。

早期的原住民大專學生工作推展不易，在不同主任的接管、不同時代背景、與意象事工不同；從聯合團契到中心鄰近各大專院校學生團契建立，又從團契建立到聯合團契，團契的組織與形態無法穩定、持續。

1980年代，受到台灣社會變遷的影響，各校原住民菁英開始思考原住民的生存、姓氏、自我認同、土地、文化、語言、醫療…不同層面的議題，進而展開各項抗爭運動。當時台北原住民大專學生中心扮演的角色—召集、組織、整合各校原住民菁英成立北山聯（現為北原會），不定期召開會議、連結各校原住民社團、舉辦原住民議題座談會與聯誼活動。因此，原住民大專聯合團契逐漸被北原會所取代。

1990-2000年代這段時期，學生工作則以輔導學舍團契、團契建立、舉辦原住民議題研討會、與政府機構合作舉辦領袖訓練營、地方教會的夥伴關係、以及都市原住民教會的聯合性活動。

40年來，北區原住民歷任的大專工作者，努力在中心的經營、學舍團契、聯合團契、各族學生會、各校原住民社團從事福音與關懷工作，更期望未來藉由意象事工：有一天在台北縣市、基隆、桃竹苗各大專院校團契設立。有一天中心成為都市與部落原住民教會連結、整合、夥伴之橋樑。