仁愛教會成立的淵源，由大安母會李東輝長老（故立法委員前基督教論壇社社長）鑒於仁愛路四段高樓大廈林立，又此地均無長老教會，實在必需再設立教會。一九七一年六月十四日假仁愛路四段四號（基督教論壇社社址）召開仁愛教會籌備委員會，出席者陳明儀牧師、連琦長老、李東輝長老、李發宰長老（以上均為大安母會牧師、長老）梁敏夫傳道、岳欣天先生、陳美惠女士、張淑貞女士、周和男先生（以上均為論壇報人士）等，議決名稱為仁愛基督長老教會。
 一九七一年六月二十七假仁愛路四段四號（論壇社社址）首次聚會，得到連琦長老（大安母會長老）奉獻新風琴壹台、電扇四台，供教會使用。
 一九七一年七月七日假仁愛路四段四號（論壇社社址）舉行開幕典禮，恭請林天數牧師主持（當時擔任七星中會議長），同時派陳明儀牧師、連琦長老、李東輝、李發宰長老、梁敏大傳道等參加七星中會傳道部會議，並呈送申請書，承蒙傳道部核准，且經大安教會小會接納。一九七一年十二月十五日遷至仁愛路四段八巷二號聚會。
 一九七二年七月七日舉行設教週年紀念禮拜暨首任林天數牧師就任典禮，同時升格為堂會，定名為「台北市仁愛基督長老教會」。一九七五年一月十二日購買現址禮拜堂並簽約付訂金，其地址原為安東街二一一巷三八號一樓（即現址復興南路一段二九五巷三二號一樓）。 一九七五年二月二日主日禮拜後，從仁愛路四段八巷二十二號，正式遷入現址禮拜堂開始聚會，遷入現址禮拜堂後，因地點適中，環境優良，會員人數逐漸增加，教勢更加茁壯。
一九九一年七月七日擴大舉行慶祝設教廿週年感恩讚美禮拜，來賓一百廿人。
二○一一年慶祝四十週年，二○一二年定為「禱告年」。二○一二年十二月十五日舉行松年大學仁愛分校十週年感恩禮拜，以「雙十」成就上帝「加倍祝福」的美意。
 二○一二起展開「1212工程」異象，期盼自二○一二年1月至二○二三年12月達成目標信徒1200名，小組120組，全職同工12名，開拓1間教會，支持2位宣教師，完成「D12普世宣教異象」。分四階段進行：2012-2014達成目標150人，2015-2017達成目標300人，2018-2020達成目標600人，2021-2023達成目標1200人。